琦年十四丧父，哀毁过礼。性沈敏有识度，好古博学，居于宣城阳谷县

何琦，字万伦，司空充之从兄也。祖父龛，后将军。父阜，淮南内史。
琦年十四丧父，哀毁过礼。性沈敏有识度，好古博学，居于宣城阳谷县，事母孜孜，朝夕色养。常患甘鲜不赡，乃为郡主簿，察孝廉，除郎中，以选补宣城泾县令。司徒王导引为参军，不就。及丁母忧，居丧泣血，杖而后起，停柩在殡，为邻火所逼，烟焰已交，家乏僮使，计无从出，乃匍匐抚棺号哭。俄而风止火息，堂屋一间免烧，其精诚所感如此。
服阕，乃慨然叹曰：“所以出身仕者，非谓有尺寸之能以效智力，实利微禄，私展供养。一旦茕然，无复恃怙，岂可复以朽钝之质尘默清朝哉！”于是养志衡门，不交人事，耽玩典籍，以琴书自娱。不营产业，节俭寡欲，丰约与乡邻共之。乡里遭乱，姊没人家，琦惟有一婢，便为购赎。然不为小谦，凡有赠遗，亦不苟让，但于己有余，辄复随而散之。任心而行，率意而动，不占卜，无所事。
司空陆玩、太尉桓温并辟命，皆不就。诏征博士，又不起。简文帝时为抚军，钦其名行，召为参军，固辞以疾。公车再征通直散骑侍郎、散骑常侍，不行。由是君子仰德，莫能屈也。桓温尝登琦县界山，喟然叹曰：“此山南有人焉，何公真止足者也！”
琦善养性，老而不衰，布褐蔬食，恆以述作为事，著《三国评论》，凡所撰录百许篇，皆行于世。年八十二卒。