曾祖从吉与曾伯祖大吉皆进士，两人子姓，科第相继

南居益，宇思受，谓南人，尚书企仲族子、师仲从子也。曾祖从吉与曾伯祖大吉皆进士，两人子姓，科第相继。
居益少厉操行，举万历二十九年进士，授刑部主事。三迁广平知府，擢山西提学副使、雁门参政，历按察使、左右布政使，并在山西。
天启二年，入为太仆卿。明年擢右副都御史，巡抚福建。红毛夷者，海外杂种，绀眼，赤须发，所谓和兰国也，自昔不通中土，由大泥、咬留吧二国通闽商。万历中，奸民潘秀引其人据彭潮求市，巡抚徐学聚令转贩之二国。二国险远，商含舍而之吕宋。夷人疑吕宋邀舶攻之又寇广东香山澳皆败不归国复入彭湖求市且筑城焉。巡抚商周祚拒之，不能靖。会居益代周祚，贼方犯漳、泉，招日本、大泥、咬留吧及海寇李旦等为助。居益使人招旦，说携大泥、咬留吧。贼帅高文律惧，遣使求款，斩之，筑城镇海港，逼贼风柜。贼穷蹙，泛舟去，遂擒文律，海患乃息。五年迁工部右侍郎，总督河道。魏忠贤衔居益叙功不及己，格其赏。给事中黄承昊复论居益倚傍门户，躐跻通显，遂削籍去。闽人诣阙讼之，不听。乃立祠以祀，勒碑于彭湖及平远台。
崇祯元年，起户部右侍郎，总督仓场。陕西镇缺饷至三十余月，居益请以陕赋当输关门者，留三十万，纾其急，报可。畿辅戒严，居益在通州，为城守计甚备。会工部尚书张凤翔坐军械不具下吏，四司郎中瘐死者三，遂诏居益代凤翔。未几，试炮而炸，兵部尚书梁廷栋劾郎中王守履失职。守履惧，诋兵部郫中王建侯诬已。廷议不如守履言，遂下狱。居益疏求，帝以为徇私，削籍归。廷杖守履六十，斥为民。寻叙守城功，复居益冠带。
十六年，李自成陷渭南，责南氏饷百六十万。企仲年八十三矣，遇害。诱降居益及企仲子礼部主事居业，皆不从。明年正月，贼遣兵拥之去，加炮烙。二人终不屈，绝食七日而死。